Vadstena Frikyrkoförsamling bildades den 1 januari 1995. Det skedde genom att Vadstena Missionsförsamling och Vadstena Baptistförsamling gick samman. Bildandet av en gemensam församling var en naturlig följd av ett långt och givande samarbete.

Vadstena Baptistförsamling grundades 1886 av 11 personer från orten. Medlemsantalet ökade snabbt vilket krävde större lokal. Den 12 november 1905 stod Betaniakapellet på Motalagatan klart att invigas. Efter ombyggnad 1955 kallades den Betaniakyrkan. 1995 såldes fastigheten i samband med att Missionskyrkan blev den nya församlingens kyrka

Baptistförsamlingen bedrev verksamhet med gudstjänster, barn- och ungdomsverksamhet och sång och musik. Man hade också verksamhet i Orlunda och Nytorps missionshus. Missionen i andra länder var viktig för församlingen och flera medlemmar har själva gått ut som missionärer. Betaniasystrarna och missionsgruppen gjorde stora insatser för den yttre missionen och den diakonala verksamheten. Församlingen var som störst på 1960-talet med ca 160 medlemmar.

Vadstena Missionsförening bildades 1882 av ett 30-tal personer och är även den en frukt av de nyandliga strömningar som drog fram över landet i slutet av 1800-talet. Missionsföreningen som var ansluten till Svenska Missionsförbundet, ombildades ganska snart till Vadstena kristna församling som 1917 blev Vadstena Missionsförsamling.

Församlingens första lokal var Missionshuset vid Stockmakaregatan. Huset blev dock snart för litet och det var därför en stor dag för församlingen då den nya Missionskyrkan invigdes den 2 september 1917. Församlingens verksamhet var omfattande och kyrkan blev en stor tillgång i arbetet.

På landsbygden runt Vadstena hade församlingen möten och ungdomsverksamhet, bl a i missionshusen i Fivelstad, Herrestad och Rogslösa. Syföreningen har i alla tider betytt mycket för församlingen och dess arbete. Församlingen var som störst på 1920-talet med ca 155 medlemmar. Vid samgåendet 1995 var medlemsantalet ca 90. 1960 fick församlingen genom en donation motta ett gåvobrev på en sommarstuga vid Tycklinge intill Vättern. Efter ombyggnad blev stugan i Saxtorp församlingens sommarhem.

Vätternkyrkans historia omfattar nu dryga 20 år som egen församling. Medlemsantalet är f.n. ca 120.

Församlingens sommarhem Saxtorp har nu varit i funktion i flera år och fungerar både som gudstjänstlokal för sommarens gudstjänster och under vår och höst som högkvarter för miniorscout, scout och tonårsgrupper.

Under sommaren används Saxtorp som rekreationsplats för församlingens medlemmar och andra. Både församlingsmedlemmar och andra kan hyra Saxtorp för olika arrangemang ex vis födelsedagsfester, se ikonen ”Saxtorp”.