Vadstena frikyrkoförsamling bildades den 1 januari 1995.
Det skedde genom att Vadstena missionsförsamling och Vadstena Baptistförsamling gick samman, en naturlig följd efter ett långt och givande samarbete.

Vadstena baptistförsamling grundades 1886 av 11 personer från orten. Medlemsantalet ökade snabbt vilket krävde en större lokal. Den 12 november 1905 stod Betaniakapellet klart att invigas. Efter en ombyggnad 1955 kallades den Betaniakyrkan. Betaniakyrkan såldes 1995 och ortens Missionskyrka blev den nya församlingens samlingsplats. Baptistförsamlingen verksamhet bestod av gudstjänster, barn- och ungdomsverksamhet, sång och musik. Även i missionshusen i Orlunda och Nytorp hade man verksamhet. Den yttre missionen var viktig för församlingen och flera medlemmar har gått ut som missionärer till andra länder. Betaniasystrarna och missionsgruppen gjorde stora insatser för den yttre missionen och den diakonala verksamheten. Församlingen var som störst på 1960-talet med ca 160 medlemmar.

Vadstena missionsförsamling bildades 1882 av ett 30-tal personer och är även den en frukt av de nyandliga strömningar som drog fram över landet i slutet av 1800-talet. Missionsföreningen som var ansluten till Svenska Missionsförbundet ombildades ganska snart till Vadstena kristna församling som 1917 blev Vadstena Missionsförsamling. 
Församlingen hade sina samlingar i missionshuset vid Stockmakaregatan. Lokalen blev dock för liten och det var därför en stor dag för församlingen då den nya Missionskyrkan invigdes den 2 september 1917. Församlingens verksamhet var omfattande och kyrkan blev en stor tillgång i arbetet.

På landsbygden runt Vadstena hade församlingen möten och ungdomsverksamhet, bland annat i missionshusen i Fivelstad, Herrestad och Rogslösa. Syföreningen har i alla tider betytt mycket för församlingen och dess arbete. Församlingen var som störst på 1920-talet med ca 155 medlemmar. Vid samgåendet 1995 var medlemsantalet ca 90.

Den 1 mars 1960 fick församlingen genom en donation motta ett gåvobrev på en sommarstuga vid Tycklinge intill Vättern. Efter ombyggnad år 2000 blev stugan i Saxtorp omvandlad till församlingens sommarhem som används flitigt under sommarhalvåret.

Vadstena frikyrkoförsamling är en ekumenisk församling som samarbetar med Equmeniakyrkan och Evangeliska Frikyrkan. Kyrkan har bytt namn till Vätternkyrkan och har efter renovering och tillbyggnad blivit en ändamålsenlig och vacker kyrka. Kyrkan används till församlingens arbete, men hyrs också ut till konserter och utställningar mm.
Församlingslivet består av gudstjänster, bön och bibelläsning, sång och musik, stickkafé, och soppluncher. Församlingens medlemsantal är ca 120.

En intressant koppling kom fram när vi fick besök från Anderstorp i Småland. Gästen hade med sig ett fotografi på förra Missionskyrkan i Anderstorp. Det visade sig att församlingen där varit på besök i Vadstena och sett kyrkan här. De tyckte den var vacker och bestämde sig för att bygga en kyrka i liknande stil. Den kyrkan stod klar 1927 men byggd i trä. Kyrkan revs på 1960-talet och ersattes av en, som man tyckte, mer ändamålsenlig kyrka.